数日后，各大报纸都宣称连续猎奇杀人事件已经被解决，但秋五从乙羽尸体上的黑色翅膀察觉到一丝不协调，并感觉到整个事件很可能还有别的黑幕存在。只是没有任何证据能拿来证明，而唯一知道真相的深水熏又在监狱里自杀了。就在此时冬史带来新情报：乙羽的异形尸骸和最近上野地区某新兴宗教的预言里描述的一模一样………秋五得知后立刻决定潜入这个名为“千里教”的地方调查，但到达后却被千里教干部祠草时子给挡了下来，最终无功而返。 
 得下空闲的秋五开始把精力都集中在寻找上月由良上。这其中他发现由良的身世有很大古怪，从老板娘雨雀那里得到一些重要线索后。秋五拉上和菜返回逗子去找上月庆一郎对峙。途中，秋五向和菜坦白了庆一郎所交代的真正委托内容，已经自己和由良曾经交往的过去。 

不过当秋五向和菜坦白“我并没有把你当作由良的替代品，完全是因为你才喜欢你。”后，和菜高兴的对秋五告白，并拉上他到小旅馆渡过了甜蜜的一夜。

而就在一天前，独自调查的高城七七发现了一个事实：连续猎奇杀人犯杀人犯深水熏也是千里教的信徒。 

度过幸福一夜的秋五和和菜找到了庆一郎，一通逼问下终于叫他说出了事实：原来当年庆一郎不甘心只做一个靠收地租过日的小地主，集合了上月家的财产搞战争物资投机生意，最后却落了个几乎破产的下场。就在他感到绝望之际，一名自称是某研究机构要员的神秘青年向他伸出了援手，不过代价就是要庆一郎把由良交给他做研究材料。当时庆一郎已经走投无路，加上他本来就讨厌自小便言行异常的由良，所以就答应了这状交易，为了一己之欲把女儿卖了。10年前，由良因为研究终止而被送回了上月家。但其状况变得非常恐怖：不是不停的呕吐，就是言行变得好像野兽一般，直到半年之后才逐渐安顶下来。庆一郎害怕这样的事情传出去会有损上月家的声誉，就把由良半监禁了起来，这一关就关了5年………… 

此时在东京的华阳女子学院，一名仰慕秋五的女学生凌崎楼子被钉死在学院大门上。调查归来的高城七七正好目睹了好友的惨死，她发誓要抓住凶手。 

回到东京的秋五因为在楼子死前曾和她在一起而被当作疑凶抓了起来，不过因为案发时他不在东京又马上被释放了。但雪白就因为这次的事件把秋五赶了出去。所幸冬史已经为他准备了新住处，而和菜也跑来和秋五过起了同居生活。

隔天在大街上，一起外出的秋五和和菜救回了逃亡的千里教干部祠草时子，并从她嘴里得知了很多千里教的真相：原本千里教只是一个只有叫天惠之会的数十人小团体，教主除了和女教徒乱搞以外基本什么都不会。2年前他突然将位子让给一对来历不明的男女后就人间蒸发。据时子所说，成为了第二代教主的年轻女子真的具有神力，这名女子就是由良………而和她一同出现的干部赤尾生马更是大大促进了教团的发展，甚至“千里教”这个新名字都是他起的。而这些建设手段中最有效的，就是赤尾根据自己梦境改写的一本叫做《炼狱之书》的预言书。后来教团的发展速度超出了他们的想象，于是赤尾便决定将书中的一部分情形弄成现实来收拢教徒。为此他向有疯狂心理基础的深水熏灌输了各种变态思想，最终操纵她做下了上野的一系列猎奇杀人案件。另一方面，他还准备了一个和教主长的很像的女人，用以将来实现《炼狱之书》中“教主用生命阻止毁灭，然后复活。”的情节。但在前不久，时子曾经亲眼目睹了那名冒充教主的女人将真的教主杀掉并偷偷埋起来，所以现在的千里教教主应该是冒名顶替的。

至于祠草时子自己，则是第一代教主祠草美智夫和天惠之会女信徒生下的女儿。从小就被信者母亲逼着关在天惠之会的房间里学习教义，成人后就做了教中的干部。但也因此目睹了教中各式各样的黑暗行径，得知养育自己的地方只是一个充斥着各种欲望的垢土而已。但即便是这样，她仍坚持自己的信仰，并为找回父亲和维持教团的存续而努力拼命。赤尾也正是利用这些来逼她为教团打理各种肮脏的事情。 

得知这些情报后，秋五马上找到有岛一磨警部，要他下令逮捕赤尾生马。而有岛也承诺会尽快派警方的人去保护整个案件唯一的证人祠草时子。但当秋五回到住处时，却发现时子已经上吊死在了屋子里。由于她在教团时曾经被注射过毒品，所以随后感到的警察都认为这是毒瘾发作后的狂乱致死。但秋五从看守时子的冬史部下口供发觉到时子其实是被人灭口所杀，接着他更从千里教的教徒名单上发现了比赤尾隐藏更深的幕后角色。另外，秋五还断定因受到姐姐已死打击外出失踪的和菜，一定也是落在了那人手上。

做了些许准备后，秋五拉上冬史夜闯千里教总部神社。在大殿上，两人见到了早就严阵以待的赤尾。在偷袭秋五未果后，赤尾坦白了自己的罪行，并高叫着自己可以为了实现“那位大人”的预言去杀人，但即便是他如何拼命，“那位大人”心中始终只有秋五。看着赤马因嫉妒扭曲的面孔，秋五更确定此人不过是一枚被操纵的棋子而已。他留下冬史断后，一个人继续向总部深处前进。最终在千里教后山的秘密修行场里，他发现了两具被挖掉眼睛的尸体，以及一系列事件的真正幕后黑手———有岛一磨。 

原来在当日，知道祠草时子藏身地点的原本只有秋五、和菜、冬史以及接受秋五求援的有岛四人。其他三人都没有杀时子的动机，那么凶手只能是剩下的有岛。至于杀人的方法，多半是先劫持了因受刺激外出的和菜，然后派和由良外貌一样的冒牌千里教教主换上和菜的衣服混入藏身地点。由与由良的相貌和和菜是一样的，所以她就能骗过冬史留下的看守进入室内杀人。而有岛指使人这么做的目的，则是为消灭自己留在千里教中的各种证据拖延时间。

另一方面，将“退役特务机关军人赤尾”、“逗子上月家女儿由良”、“千里教”这三个正常情况下决不可能交集在一起的核心人物正是有岛。有岛是赤尾还在军中特务机关服役时的直属上司。而有岛旧姓奈良桥，“奈良桥一磨”，这便是当年向上月庆一郎伸出援手的神秘年轻人的名字。赤尾和由良的接点在此，至于有岛和千里教的接点，则是出现在千里教信徒名单上“有岛雪乃”这个人，她是有岛的妻子。