这一切始于一起谋杀案。在中央大道上发现了一具被取出内脏的神秘死尸。这起事件迅速在日本全国被报道，引起了巨大的轰动。然而，当局放弃了这起谋杀案的调查，交由拥有不同调查权的公安部门负责。

与此同时，一名少年失踪了。随后桂木侦探事务所接到了关于这名少年的搜寻请求。
是离家出走还是被绑架……
与此牵连的暴力团、蠢蠢欲动的大财阀的影子在背后隐现，10年前的悲剧也随之浮出水面。交织着种种臆测，事件也开始了令人震惊的离奇展开。

桂木侦探事务所，代理所长，天城小次郎。
警视厅公安部六科，调查员，法条玛丽娜。

这两人虽然追查着完全不同的事件，却仿佛被引导、被吸引一般，逐渐卷入了一个阴谋……

玩家将操控两位主角，同时推进看似无关的双线故事。通过一个角色才能了解到的人物、事件和信息将会推动另一个故事的发展。
随着游戏的进行，玩家将逐渐发现，原本看似零散的各种事件其实相互关联，最终意识到这其实是一个庞大的统一故事。

小次郎篇-

故事从一起司空见惯的寻找离家出走少年的委托开始。
因为父子关系不合而出走？还是被绑架了？
调查过程中暴力团体和支持委托人的巨大财阀浮出水面。

在这期间，一直行踪不明的天城小次郎的养父，桂木源三郎，突然回国。
源三郎似乎与暴力团有着联系，而这条线索最终指向了小次郎的过去。
小次郎渐渐开始怀疑自己父母的死亡并非自然，难道他的父母不是死于事故，而是被谋杀……

玛丽娜篇-

警视厅公安部正在追查将死者的内脏全部割去的猎奇杀人事件。
明明只是普通的谋杀案，为什么公安部会插手？
抱着这样的疑问，玛丽娜接受了保护要人的命令。
杀人事件的调查一片扑朔迷离，玛丽娜便从保护对象——露丝·布拉奇福德的身边开始调查。

落入露丝手中的海奇公司及其掌握的神秘技术、海奇公司的研究负责人夏萨与女儿托娅、
不知何时才会停止的猎奇杀人事件。
能把这些看似互不相干的事件串在一起的线是否存在呢？
四处奔走的玛丽娜的注意力，渐渐集中到“XTORT”这一线索上……